正相硅膠反相洗脫色譜儀對堿性藥物的保留主要是離子交換機理。在高PH值的條件下，硅膠表面弱酸性的硅羥基存在一定的離子化特征，硅膠在高PH值的情況下可作為陽離子交換劑。許多堿性化合物在高PH值（PH = 10）時也能部分質子化。非解離中性脂類和陰離子成分不被硅膠柱保留，在溶劑前沿被洗脫。只有在色譜條件下呈陽離子型的堿性胺類藥物可以很好地保留，排除了內源性雜質峰地干擾，從而選擇性地分析堿性藥物。正相硅膠反相洗脫色譜儀主要依堿性強弱出峰，色譜峰對稱性很好，峰形尖銳。
         正相硅膠反相洗脫色譜儀不需反相液相色譜儀中復雜的處理手段，堿性藥物保留時間大大縮短，拖尾改善，峰形對稱，能同時分析極性范圍很大的一類藥物。