A. DNA模板：

·   盡量使用高質量、純化后的DNA作為模板

·   需要提高保真度時，可使用較高的DNA模板濃度并減少循環數

·   模板用量：以50 μl反應體系為例——

        人基因組DNA：0.1~1.0 μg

        大腸桿菌基因組DNA：10~100 ng

        Lambda DNA：0.5~5 ng

        質粒或病毒DNA：0.1~10 ng

B. 引物設計原則：

·  引物長度要滿足特異性需要，一般可在18~25個堿基之間；擴增長片段時在24~30個堿基之間；

·  當引入克隆位點時，引物末端應額外增加3個以上堿基；

·  (G+C)%含量應盡量控制在40~60%，兩條引物的(G+C)%含量應盡量接近；

·  引物中GC堿基分布均勻；

·  盡量避免相同堿基連續出現三次以上，3’端應避免使用A或T；

·  避免引物內部自身配對形成二級結構；

·  正反向引物之間應避免配對堿基，尤其是3’端的三個堿基，否則易生成引物二聚體(Primer dimer)；

·  兩條引物的解鏈溫度（Tm）值應在42~65℃之間，而且兩條引物間相差不超過5℃；

·  引物Tm值的計算方法：

       20 nt以下：Tm = 2℃ x (A + T) + 4℃ x (G + C)

       20 nt以上：Tm = 81.5 + 0.41 x (GC%) -600/nt (nt：引物的堿基數)

·  引物用量：

·  0.1~1.0 μM，通常可以0.2 μM起始，根據體系不同調整用量；

·  使用簡并引物、隨機引物時，需增加引物總量以彌補產量損失；但隨著引物量加大，特異性將降低；

·  模板較大較多，或結構較復雜(如人基因組DNA)時，需減少引物用量以提高特異性；

·  模板較小較少(如質粒模板)時，增加引物用量可提高產量。

C. 核苷酸（dNTPs）：

·  常規dNTPs濃度為每種核苷酸0.1~1.0 mM，通常可以0.2 mM起始，根據體系不同調整用量；

·  低濃度（0.05~0.1 mM）可增加保真性，但會降低產量；

·  高濃度提高產量，尤其是長片段PCR，但會降低保真度。

D. 鎂離子濃度

·   對于Taq DNA聚合酶，鎂離子的*濃度為1.5~2.0 mM；

·   *濃度取決于模板、緩沖液、DNA和dNTPs（每一種都有可能鰲合鎂離子）；

·   鎂離子濃度過低，會降低產量；

·   鎂離子濃度過高，會增加非特異性PCR產物；

·   優化鎂離子濃度時，通常以0.5 mM梯度遞增，zui高到4 mM。

E. Taq DNA 聚合酶濃度

·   推薦使用濃度為 1~2.5 U/50 μl反應體系。

F. 起始反應

·   在冰上配制反應體系；

·   zui后加聚合酶；

·   將熱循環儀預熱至變性溫度(94℃)后，放入PCR管，立即進行反應。

G. 變性溫度與時間

·   通常于94℃初始變性，使DNA雙鏈*打開；

·   變性時間通常為15~30秒；

·   避免長時間或高溫度孵育；

·   高GC含量模板可提高變性溫度至98℃。

H. 退火溫度與時間

·   通常情況下，退火溫度為引物Tm值減5℃，在55~60℃之間；

·   提高退火溫度有利于減少非特異性條帶；

·   常規退火時間為15~30秒。

I. 延伸溫度與時間

·   延伸反應通常在72℃下進行。

·   Taq酶的延伸時間大約為15~30秒/kb DNA；

·    產物小于1 kb時，建議延伸時間為30~60秒；

·    產物大于3 kb或反應超過30個循環時，可能需要更長的延伸時間。

典型的循環條件：

預變形94℃ 2 分鐘

94℃ 30秒，

55℃ 30秒，

72℃ 1分鐘/1 kb，25~30個循環

72℃ 5分鐘

注：上述反應條件適用于普通Taq DNA聚合酶催化的PCR反應。當DNA模板富含GC、具有復雜二級結構、低濃度或產物>5 kb時可能需要改變相應條件。